兩岸服務貿易協議同意陸資來臺以合資捐助設立非營利之醫療財團法人醫院，其設立許可過程及後續管理有嚴謹之程序及規定把關，設置地點需經本署審議通過許可，捐助基金後，基金運用亦須報經本署同意後始得為之，並不允許以診所型態新設醫療財團法人。 
本次服務貿易協議雖同意大陸投資者可依醫療法第43條充任醫療財團法人董事，但也同時規定大陸地區人民與外國人擔任董事之人數合計不得超過董事會總額三分之一，確保我國醫療財團法人董事會主導權，並無掏空醫院體系之虞。依協議內容，陸資對於我國醫療服務係資金挹注為主，在服務貿易協議協商及簽署過程，本署亦秉持不涉及醫事人員培育、訓練，不承認其學歷及不准來台執業等原則。 
大陸人士來台投資者，須依循現行規定以「投資經營管理」名義申請，其合法領有居留證件且居留滿六個月者，依現行健保法規定參加健保；來台者之配偶與子女，如依法取得六個月以上之居留證，則亦依規定納保，對於目前健保制度運作及財務並不會有明顯影響。健保保險對象之投保身分類別與保費負擔，均屬現行健保法明定事項，外界所提「來臺參加健保之大陸專業人士，應比照台灣雇主與專技人員，以第一類身分納保」，則涉及修法事項。