有關高雄縣大寮鄉兩件鴨肉戴奧辛含量超標事件，衛生署於接獲環保署通報第一時間，即責成地方衛生局會同環保及農政單位赴現場調查，並儘速進行市售鴨肉、吳郭魚及鳳梨的檢驗工作。
為維護民眾健康，衛生署自90年度起持續針對民眾生活中所食用的各類食品，以及國人血液中戴奧辛含量進行監測，以建立台灣地區戴奧辛的流布資料，進而評估其對國人健康的影響。由歷年食品戴奧辛監測結果，配合各類食品攝取量調查，國人經由飲食攝入戴奧辛的危害風險甚低。另外，民眾血液樣品中戴奧辛濃度檢測結果，與德國、紐西蘭、日本、韓國及俄羅斯相似年齡研究分析結果比較，亦屬正常，並無特別偏高的情形。
儘管該批鴨隻已由環保、農政單位進行源頭管制，然而為保障該污染鴨場之鴨農的健康，衛生署11月24日已會同高雄縣衛生局，進行鴨農食用情形調查，及血液戴奧辛之抽血檢驗，同時提供健康照護手冊及相關衛教宣導，檢驗結果將於二週後出爐。
衛生單位自本案發生以來，密切注意相關調查處理資訊，並持續與環保、農政單位透過共同合作模式，以確保民眾食的安全。有關戴奧辛之資訊，包括「戴奧辛健康照護Q&A」、「認識戴奧辛風險研討會報告」等，已列於本署國民健康局網站，歡迎關心此議題的民眾上網查詢。