本部單位

• 主任秘書室
• 綜合規劃司
• 社會保險司
• 社會救助及社工司
• 長期照顧司
• 護理及健康照護司
• 保護服務司
• 醫事司
• 心理健康司
• 口腔健康司
• 中醫藥司
• 秘書處
• 人事處
• 政風處
• 會計處
• 統計處
• 資訊處
• 法規會
• 附屬醫療及社會福利機構管理會
• 全民健康保險會
• 全民健康保險爭議審議會
• 衛生福利人員訓練中心
• 國民年金監理會
• 國際合作組
• 公共關係室
• 科技發展組
• 國會聯絡組

所屬機關

• 食品藥物管理署
• 社會及家庭署
• 疾病管制署
• 國民健康署
• 中央健康保險署

機構單位

• 社會福利機構
• 國家中醫藥研究所
• 所屬醫院