綜合規劃司

• 部長信箱管理系統

社會救助及社工司

• 1957福利諮詢專線
• 全國社會福利津貼給付資料比對資訊系統
• 弱勢e關懷計畫全國社會福利資源整合系統

護理及健康照護司

• 護助e起來平台
• 護理機構評鑑管理系統-民眾查詢專頁
• 護理職場爭議通報平台
• 護產人員暨機構管理資訊系統

醫事司

• 二年期一般醫學訓練選配系統
• 台灣病人安全通報系統
• 台灣病人安全資訊網
• 教學醫院教學費用補助管理系統
• 預立醫療決定、安寧緩和醫療及器官捐贈意願資訊系統
• 緊急醫療管理系統
• 器官捐贈移植登錄系統
• 器官捐贈喪葬補助管理系統
• 醫事糾紛鑑定資訊系統
• 醫事機構查詢及醫事人員查詢
• 醫院評鑑管理系統
• 醫院資訊公開專區
• 醫療廢棄物處理網

心理健康司

• 精神照護管理系統
• 精神照護機構評鑑管理資訊系統

口腔健康司

• 二年期牙醫師畢業後一般醫學訓練計畫

中醫藥司

• 中醫負責醫師訓練管理系統
• 中藥違規案件紀錄系統
• 中藥廣告案件查詢
• 中藥藥物廣告查詢系統
• 中藥藥品許可證查詢

資訊處

• 人民申請案件線上申辦服務系統
• 資訊系統報修服務網站(限衛生機關使用)
• 電子病歷交換中心網站
• 衛生福利部資安資訊分享與分析中心
• 醫事憑證管理中心

法規會

• 衛生福利法規檢索系統
• 衛生福利部法規通報系統

附屬醫療及社會福利機構管理會

• 台灣e院
• 藥品物料聯合訂購網

統計處

• 空床及死亡通報資料自動傳遞平台維護暨死亡通報網路系統