衛生福利部為協助0206花蓮震災災區相關重建工作，自107年2月7日起至3月31日止，開放接受民眾愛心捐款，協助受災民眾籌措後續醫療、心理輔導、生活及社會重建所需費用。統計至107年6月15日17時止，衛福部收到0206花蓮震災專案捐款共計4億3,252萬5,427元，並已匯撥轉捐花蓮災區使用。為感謝國內外各界無私奉獻愛心，衛福部特於107年6月29日辦理「0206花蓮震災專案捐款頒贈感謝狀儀式」。

衛福部統計此次0206花蓮震災專案捐款中，大額捐款以企業或團體為主，捐款200萬元以上者，包含中華電信股份有限公司等50個單位及個人。除了國內企業及個人響應衛福部賑災捐款活動、慷慨捐輸，來自國外的捐款，讓臺灣遭逢危難時，感受到大眾的溫情。衛福部部長陳時中表示，有一日籍捐款者有感於臺灣在日本311地震時給予的援助，因此在第一時間響應0206花蓮震災專案捐款活動。顯見臺灣人民敦實善良的本質，在國民外交上得到肯定與支持。

衛福部社會救助及社工司司長李美珍表示，此次花蓮震災的救援行動，除了政府機關主動發起勸募、提供搜救隊馳援之外，民間團體也出人出力，自發性至災區提供必要的協助，公私部門展現國人患難與共之精神。

李美珍表示，各級政府機關(構)只有因重大災害或國際救援時，始得主動對外發起勸募。收受捐款的情形也須定期辦理公開徵信、依指定用途使用，並且於年度終了二個月內，將辦理情形函報上級機關備查。勸募團體如基於公益目的主動發起勸募，需事先向主管機關申請許可。倘勸募團體正在執行之勸募計畫，用途包含協助因災陷困之民眾，亦可依已核准之計畫用途使用，協助花蓮災區重建。