隨著疫情全球升溫，台灣的防疫表現受到國際肯定，為勉勵醫療照護相關工作人員之辛苦，衛生福利部依據「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」第二條之規定，於109年4月14日函頒修正「執行嚴重特殊傳染性肺炎醫療照護及防治發給補助津貼及獎勵要點」(以下稱本要點)，修正後重點如下，並追朔自109年1月15日生效。
一、醫事人員津貼：於負壓隔離病房、普通隔離病房、加護病房及專責病房第一線執行照護疑似或確診個案之醫護人員：醫師每日1萬元、護理人員每班1萬元、專責醫事放射人員每月1萬元、專任感染管制人員每月1萬元。
二、醫療機構獎勵：
(一)設置專責病房：每一病室獎勵設置費10萬元，並依據收治個案情形及佔床率給予營運獎勵費，每一病室每月1萬元。營運獎勵費用中，應有50%以上，分配予病房相關工作人員，包含醫事人員、社會工作人員、行政人員及清潔人員。
(二)設置採檢站或防疫門診：每家醫療機構獎勵設置費20萬元，每月再依採檢案件數，給予最高20萬元之獎勵費，其中應有80%以上，分配於相關工作人員，包含急診醫護人員、醫事放射人員、社會工作人員、行政人員及清潔人員等。
(三)個案轉檢、採檢及檢驗：
- 醫療機構對於評估後須採檢者，安排轉檢並完成通報，每一案獎勵費用200元。
- 設有採檢站、防疫門診、負壓隔離室(病房)，於日間採檢及通報者，每一案獎勵費用500元，其中300元應分配予採檢相關人員; 於夜間或假日採檢及通報者，每一案獎勵費用700元，其中500元應分配予採檢相關人員。
- 本部疾病管制署給付嚴重特殊傳染性肺炎通報個案指定檢驗機構之檢驗費用，每件3000元中至少應有1000元分配予檢驗相關人員。
(四)嚴重特殊傳染性肺炎之重症呼吸器患者，按收治使用呼吸器病人數及使用日數，給予每人每日1萬元獎勵費用，並應全數分配予呼吸治療相關人員。
(五)辦理防疫工作表現績優獎勵：按其收治疑似或確診病例數、感染管制成效、支援其他機構防疫及其他配合主管機關指派之防疫工作表現優良者，發給團體績效獎勵金100萬元至1000萬元，其中一定比例應分配予相關工作人員。
衛福部表示，本要點將依疫情發展，持續滾動修正，並依據修正結果於本部官網公布申請各項給付之申請作業須知與常見問答。此外，醫院之醫事及社工人員因配合防疫取消出國之補助，請醫院於4月30日前，先造冊回覆本部以便匡列預算，當事人則可於本(109)年底前檢具相關證明文件請領費用。衛福部強調，全球疫情仍在延燒，防疫工作一日不可鬆懈，除感謝全國防疫人員及醫護等工作人員之努力，更要呼籲全國民眾共同合作，配合指揮中心各項規定，以維護全體國民健康與生命安全。