媒體報導，小吃攤標榜「本店皆使用非基因改造食品」，卻檢出含基改成分。食品藥物管理署(下稱食藥署)表示為保障消費者知的權利，給予消費者選擇的自由，衛生福利部已公告並全面施行包裝食品、食品添加物、散裝食品及具營業登記直接供應飲食場所之食品含基因改造食品原料之標示相關規定。受規範的業者及食品，凡使用基因改造食品原料，即應明確標示「基因改造」等字樣。另業者倘使用「非」基因改造食品原料，得標示「非基因改造」等字樣，惟因非故意且無法預防之因素(如：採收、儲運等)，而攙雜到基因改造食品原料，我國目前訂有非故意攙雜率3％，若超過3%即視為基因改造食品原料，則須標示「基因改造」等字樣。 

我國對於基因改造食品，係依據食品安全衛生管理法(下稱食安法)嚴格管理，除須符合各項食品安全衛生規定外，亦有基因改造食品原料之查驗登記、專屬輸入稅則號列分流管理、要求輸入基改食品原料業者應建立追溯追蹤資料及電子化上傳、強制明確標示及後市場監測制度等管理規定。 

食藥署表示，已公開基因改造食品檢驗方法，可以檢驗食品原料中含基因改造成分含量與品項，與歐盟、日本等均同樣使用品項專一性即時定量PCR(Q-PCR)的檢驗方法與技術。另為加強基因改造食品原料稽查及落實各種標示規定，104下半年及105年度衛生機關合計已監測調查包裝食品、散裝食品及直接供飲食場所基因改造標示符合性之總稽查件數共6,629件，其中不合格件數為6件，合格率達99.91%。針對輸入之非基因改造食品及稽查國內34家資本額3,000萬以上大豆油脂及醬油釀造工廠之黃豆來源及產品標示，亦全數符合規定。並於105年及106年陸續規劃執行「機關學校福利社及午餐膳業」、「餐盒食品工廠HACCP」、「豆製品製造業」、「醬料(醬油調味醬)製造業」及「基因改造食品」等稽查專案。 

食藥署提醒業者，市售食品倘經查獲產品未依規定標示或有廣告不實，依食安法第47條規定，處新臺幣3萬至300萬元罰鍰；如標示或廣告有不實、誇張或易生誤解等違反同法第28條規定之情形，依據同法第45條第1項規定，處新臺幣4萬元以上400萬元以下罰鍰。