上週（10月2日至10月8日）無新增本土登革熱確定病例，今年登革熱本土病例累計377例；另新增8例境外移入登革熱病例，感染國家分別為馬來西亞3例，印尼、越南、泰國、菲律賓及新加坡各1例。東南亞近期登革熱疫情處相對高點，菲律賓、越南及寮國今年累計病例數均高於去年同期，泰國、馬來西亞及柬埔寨則低於去年同期；新加坡近期疫情下降，惟今年累計病例數高於去年全年總數。由於東南亞境外移入病例持續發生；全台連續二週降雨積水致孳生源增加，本土疫情風險持續。 
恙蟲病疫情將持續趨緩，惟仍處流行期，流行區域以花東及離島縣市為主。另腸病毒疫情持平，上週全國門、急診就診人次（8,948）較前一週（8,569）略升4.4%；社區仍以感染克沙奇A型之輕症為主，腸病毒71型仍有散發個案。上週新增1例感染克沙奇B3型病毒重症確定個案；今年累計22例重症確定病例，其中20例感染腸病毒71型、1例感染克沙奇A5型病毒、1例感染克沙奇B3型病毒。 
國內上週新增1例由馬來西亞境外移入茲卡確定病例，我國今年迄今共10例確定病例，均為境外移入，感染國家分別為泰國及越南各2例，印尼、新加坡、馬來西亞、聖露西亞、聖文森及格瑞那丁及美國（佛州邁阿密）各1例。近期東南亞國家茲卡疫情持續，且現值病媒蚊活動期，我國發生境外移入病例及本土疫情風險均升高。 
美國佛羅里達州茲卡本土疫情持續，上週新增20例，自7月底至10月10日累計165例，分布於邁阿密郡、棕櫚灘郡、皮尼拉斯郡及布勞沃德郡共4郡；尚有4例感染地不明調查中。新加坡茲卡本土疫情趨緩，上週新增4例，排除6個群聚區，自8月27日至10月10日確診403例，包含16名孕婦，目前僅阿裕尼灣、沈氏通道及其鄰近地區仍列為群聚區。菲律賓上週新增6名茲卡本土病例，今年累計15例，多分布於中部省市。越南上週新增2名茲卡本土病例，分別來自南部平陽省及胡志明市，該國今年累計5例，分布於中南部省市，其中1名為孕婦。馬來西亞及印尼持續有輸出至他國之病例。 
世界衛生組織（WHO）10月6日公布，全球自2015年以來已有67國/屬地具茲卡病毒本土病例紀錄，中南美洲及加勒比海地區整體疫情趨緩，惟仍有少數國家疫情持續，東南亞國家近期陸續傳出茲卡疫情，須提高警覺。疾管署將持續具流行疫情或可能有本土傳播之63國/屬地，包括亞洲地區馬來西亞、泰國、菲律賓、越南、印尼、新加坡、馬爾地夫7國及美國佛州布勞沃德郡、邁阿密郡、皮尼拉斯郡、棕櫚灘郡等，旅遊疫情建議列為第二級警示（Alert）；另寮國等4國曾有疫情，惟2016年尚未報告病例，旅遊疫情建議列為第一級注意（Watch）。