對於部分人士控告衛生福利部在行政院食品安全辦公室、衛生福利部、行政院農業委員會舉辦之「公聽會講義」中，提供今年8月之《跨部會赴日實地考察報告》不實資訊一節，衛生福利部發表聲明如下：一、針對部分人士提告，引用內容及數據有錯誤解讀，深表遺憾。二、衛福部無偽造文書之實，並認為此控告行為無助於政策的溝通討論。三、任何人沒有選擇不做為被告的權利，唯告發人也應承擔相當法律責任。
對於告發聲明所質疑事項，經查其指摘部分內容資料解讀有誤，衛福部簡要說明如下：
- 針對衛福部《跨部會赴日實地考察報告》之質疑：案內報告係記載衛福部、農委會、原能會、經濟部、外交部等部會代表及2位專家（食品安全專家及醫師）於今(105)年8月21日至29日赴日進行實地考察情形，主要係為了解日本對於國內食品輻射安全管理實務，考察結果確認日本政府在311事件後，有效執行輻射安全監測、環境監測及除污機制，產品的輻射安全也有效的監測管理中。
- 針對衛福部所辦理之「日本食品輸臺公聽會講義」之質疑：查我國食品輻射污染容許量標準，在國際間屬於較嚴格標準，如我國容許量標準，除針對銫134+137在乳品及嬰兒食品為50貝克/公斤、其他食品為100貝克/公斤(飲料及包裝水為10貝克/公斤)外，另更進一步規定訂定碘131在乳品及嬰兒食品為55貝克/公斤、其他食品為100貝克/公斤。由於不同核種之半衰期、危害風險等不同，爰應個別進行風險評估。Codex之說明碘131及銫134+137並未加總計算之核種數值，故非如告發人所述加總計算為200貝克/公斤。
- 有關引用美國食品藥物管理署規定(「第99-33號進口警示」)部分：經查「第99-33號進口警示」是美國FDA於2011年針對日本發生311福島核災事件時，所發布的進口食品警示。美國已於2016年發布信息說明，日本禁止流通14縣的部分特定產品，在美國也直接扣留不能進口，換言之，美國的管理方式為，日本禁止流通的就禁止進口，其他食品則美國可以進口，所以每當日本變更項目，美國就會重新公布。迄今其管制品項內容經過多次的修訂，而最近(2016年10月7日)新公布修訂的「第99-33號進口警示」，係新放寬日本千葉縣(Chiba Prefecture)竹筍產品(Bamboo Shoots)進口，並非加強管制日本進口食品。
- 衛福部重申，本案衛福部並無不法情事，此次民眾告發無助於政策溝通，呼籲民眾理性參與，透過和平理性的討論與溝通，保障民眾知的權益。