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因應WHO宣布全球大流行（第六級），指揮中心達成六點決議
一、加速第二波疫情所需防疫物資之採購及儲備。
二、全面偵測流感病毒活動，以取代醫師通報病例之監測方式。
三、強化醫療院所量能，結合全民健保，集中資源於病患之診療。
四、大型國際活動如高雄世運會及聽障奧運會仍建議如期舉行。
五、草擬特別條例，陳送行政院，遞交立法院審議。
六、呼籲民眾配合政府防疫措施。
世界衛生組織係於6/11透過IHR管道遞送各國包含我國在內的衛生部長一份疫情等級第六級之建議指引，該指引強調各國政府應著重照顧患者，提供人民自我保護之有用資訊，以減少恐慌，而非採取關閉邊界、企圖在機場擋阻病毒，或限制旅行等無效之措施。世衛強調「現在既然已宣布發生大流行，政府就需要集中資源照料患者」。世衛也首度證實「該新型病毒造成重症及死亡比率與季節性流感相當」，因此嚴重程度尚稱「溫和」。世衛對於「過渡期」國家(如我國)，亦提出建議應收集最初100例病例之詳細資料，以評估當地疫情嚴重程度，一旦所收集資訊價值降低，則應停止追蹤接觸者等耗資極大之工作，並將預防性用藥保留用於病患治療。
劉院長於指揮中心會議表示，政府已密切掌握疫情發展，對於升級並不感到意外，防疫物資已充分儲備，採用先進之醫療照護，政府會持續投入資源於因應疫情，讓第一線醫療防疫同仁無後顧之憂。今年也是我國首度參與世界衛生大會，與國際接軌，共同參與傳染病大流行的因應，對我國防疫情勢更為有利。另外，院長也表示對於台灣的醫療水準及全民健保有信心，政府也會加強弱勢族群及偏遠地區的照顧，相信在既有基礎之下，有能力給予民眾良好的醫療照護。院長再次呼籲，請民眾不要恐慌，也不要影響既有生活及活動，政府已有準備，並逐步採取因應準備與防治作為，請民眾與政府密切配合，將疫情控制在影響最小的程度。所以即將舉辦之世運會及聽障奧運會都將如期舉行，且政府會以專案做好防疫工作。
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- 資料來源：衛生福利部