基因改造食品原料係以科學實證為審查基礎，經過嚴格安全性評估，政府全力把關- 衛生福利部

有關主婦聯盟環境保護基金會，針對食品藥物管理署於103年6月18日「舌尖上的科學：基改食品致癌？證據不足！」廣告之聲明，該署除對該基金會長期關注國人食品安全衛生相關議題表達感謝外，並強調食藥署不可能為了幫業者發聲而製作廣告文案，這是一系列與民眾食安溝通文案的其中一篇，主要針對民眾較多疑慮或是較關注議題，作為科學溝通平台。除讓民眾可從食品標示了解有無基改原料，也希望讓民眾擁有更多資訊，作出自主選擇。
食品藥物管理署表示，我國基因改造食品管理，係依據食品安全衛生管理法嚴格管理，相關政策規定之擬定，以維護民眾飲食安全為前提，以科學證據為基礎，全面考量消費者權益、糧食供應及政策可行性。
衛生福利部 (改制前為衛生署)於89年訂定「基因改造食品安全性評估方法」，且於97年及99年依國際法典委員會（CODEX）所定之基因改造食品安全性評估指引，加以增修評估項目。評估內容包括基因改造食品的本身及製程安全，涵蓋該食品之遺傳物質、人類食用經驗及歷史、食品成分、新品種與已知品種在使用上差異的各項資料，評估項目亦特別著重於產品的特性、過敏誘發性、營養成分、抗藥性及抗生素標識基因等。為審查國內之基因改造食品原料，該署聘請分子生物、毒理學、免疫學等相關學術領域中之專家學者，組成「基因改造食品審議小組」，逐案嚴格審查，每一品系上市前均須取得查驗登記許可。
衛生福利部已於102年11月19日發布「食品及其相關產品追溯追蹤系統管理辦法」，並於103年4月17日預告基因改造食品之食品輸入業者應建立食品及相關產品追溯追蹤系統之公告草案，預計104年2月5日實施；另於103年6月20日預告「包裝食品、食品添加物、散裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項」等3草案，修訂重點包括：擴大基因改造食品原料標示實施範圍，將現行包裝食品擴大至食品添加物及散裝食品；非基因改造食品原料非有意摻入基因改造食品原料超過3％，即視為基因改造食品原料，須標示「基因改造」等字樣，較現行5％規定嚴格。強制標示並非安全性考量，而是為了保障消費者知的權利，給予消費者選擇的自由。
該署強調，已蒐集參考國際相關規範及監測管理措施，修訂相關法規，以精進我國基因改造食品安全性評估及標示之管理效能，並適時發布揭露相關訊息，以讓民眾獲取正確之基因改造食品安全衛生資訊，消彌不必要疑慮，保障國人飲食健康安全及消費權益。