二代健保補充保險費已於102年1月1日實施，依照健保法規定，機關、學校、公司、行號、機構等扣費單位在扣繳民眾個人6項收入的補充保險費後，應於每年1月31日前，將上一年度向保險對象扣取之補充保險費金額，填報扣費明細彙報健保署。茲因103年1月31日適逢農曆新年連續假日，102年扣費明細彙報期間將延長至103年2月5日止。
由於明年1月底各扣費單位也須申報所得稅法規定的各類所得扣繳憑單彙報作業，同時亦辦理健保法規定的補充保險費扣費明細申報，為紓解各扣費單位集中在同一時段申報作業，健保署特此提醒，並建議扣費義務人可就已有的補充保險費扣費明細資料先行向該署申報。該署為便利申報作業，也提供網路申報管道，請多加利用。
健保署再次說明網路申報補充保險費扣費明細方式如下：
一、 使用政府電子憑證之申報方式
扣費單位先利用健保署提供的單機版軟體，產生明細資料檔案，或自行製作扣費明細檔案，再利用網路平台使用政府電子憑證(如：工商憑證、組織團體憑證、政府機關憑證、自然人憑證等)傳送資料至健保署完成申報作業。
（路徑：健保署全球資訊網/二代健保/補充保險費作業專區/3.使用憑證專區/3-4各類所得扣繳補充保險費明細申報作業。可利用/3-5查詢網路申報結果）。
二、免用政府電子憑證之申報方式
扣費單位若尚未申請政府電子憑證(如：工商憑證、組織團體憑證、政府機關憑證、自然人憑證等)，或是補充保險費扣費明細較單純者，得利用本項免憑證上傳扣費明細資料。
(路徑：健保署全球資訊網/二代健保/補充保險費作業專區/2-2各類所得扣繳補充保險費明細申報作業(免憑證)）。扣費單位可上網查詢網路申報結果。
如對申報作業及規定不清楚或有疑問，歡迎撥打健保署免付費服務專線0800-030-598。