食品藥物管理署管制藥品製藥工廠新建廠房工程獲衛生福利部推薦參選第17屆公共工程金質獎，經評審委員赴廠實地評審，在眾多參賽工程中，脫穎而出，獲頒公共工程金質獎建築類「特優」獎項，也是衛生福利部第一件獲得該獎之工程，該獎於106年12月21日由行政院賴院長親自頒發金質獎特優獎項。

該署管制藥品製藥工廠現有廠房於77年整建迄今，廠房設備已老舊，空間亦已不敷使用，為符合國際PIC/S GMP規範，增加產線產能，避免管制藥品缺藥風險，並考量新增研發空間，以提升國內自製率，故該署自籌4.94億元，進行「管制藥品製藥工廠廠房新建暨整建工程計畫」，期程自101年至108年3月，以提升其管制藥品製藥品質、提高管制藥品國產自製率。

為新建此一國家級藥廠，在規劃階段即結合該署對於PIC/S GMP、藥品製造規範、專業製程設備、潔淨區要求等的專業，以及代辦機關營建署對於建築空間設計、營建器材審查、綠化節能、智慧建築等的專業，同時與設計、監造、土建、空調、水系統廠商密切合作，進行工程協調、檢討、進度追蹤，才能使新建工程於106年7月如期如質完工，同時獲得金質獎評審委員們的青睞及高度評價，於參賽59件工程的11件建築類工程中脫穎而出，獲得特優之殊榮，實屬不易。

該新建工程於106年7月底竣工，9月完成驗收，現正進行各項系統、製藥設備及機器驗證中，預計於107年中通過PIC/S GMP查核，待未來整建棟亦完工，全廠建置完成通過PIC/S GMP後，將使管制藥品製藥工廠的廠房總面積擴增成為原有的2.3倍，針劑及錠劑將由1條生產線擴充為2條，並預留增設口服液劑及貼片劑型的研發及生產空間，可提升第一級、第二級管制藥品的品質，並可確保此類戰備及緊急醫療必須藥品的供應無虞。