強化輸入食品之源頭管理，是食安五環首項政策「源頭控管」的重點工作之一，衛生福利部從103年起，陸續公告特定類別產品實施系統性查核，出口國必須通過系統性查核後，食品藥物管理署(下稱食藥署)才會受理該國產品輸入查驗申請，並經查驗合格後，才准予輸入。目前已實施系統性查核之產品範圍，已涵蓋所有動物性產品，包括肉、乳、蛋、動物油和水產品。依108年9月26日最新發布修正「輸入食品系統性查核實施辦法」，擴大實施系統性查核之產品品項，新增乳製品品項(HS Codes 19011000907、19019021004、19019022003)及納入其他鹿來源產品，並於109年1月1日起實施。

     除了輸入前的系統性查核之外，食藥署針對各類動物源性食品等輸入食品，也逐步實施輸入時，應檢附衛生證明文件措施，包括貝類、蛋品及蛋製品、明膠及其衍生物等。食藥署表示，透過檢附官方衛生證明措施，由輸出國提供對其產品來自合法供應商並為合格之產品，更能強化輸入產品之源頭管理。

     食藥署持續滾動式規劃、新增及公告相關管制措施，於境外源頭端以及我國邊境嚴加把關，落實輸入食品源頭管理，以確保輸入食品衛生安全。