民國87年，國內爆發第一波腸病毒嚴重疫情，造成78位孩童失去寶貴的生命。距今廿年前，由國家衛生研究院臨床研究組組主任何曼德院士帶領的台灣腸病毒流行疾病研究團隊，鑑定出此次疫情病原體主要為腸病毒71型(EV71)病毒。台灣自此積極展開腸病毒71型疫苗之研發，目前已進展至第三期人體臨床試驗。為了提升疫苗品質，國衛院感染症與疫苗研究所劉家齊研究團隊發現腸病毒71型病毒上特有的VP2抗原決定位，未來可用於鑑定腸病毒71型疫苗。此項研究成果已取得我國與美國專利，並榮獲107年度經濟部國家發明創作獎銀牌之肯定。

自政府核定「人用疫苗自製計畫」研發腸病毒71型疫苗後，由衛生福利部疾病管制署江正榮博士研究團隊進行腸病毒疫苗量產純化與檢驗系統的前端研究，開發出原型疫苗株與產製相關技術；2007年，國衛院承接疾管署研發成果，執行「台灣人用疫苗研發計畫─細胞培養腸病毒71型疫苗」子計畫；2010至2012年期間，國衛院與台北榮民總醫院及台大醫院合作完成進行第一期人體臨床試驗，確認此研發疫苗具備安全性與免疫原性。2013年，國衛院輔導國內廠商製備去活化腸病毒71型疫苗；2018年，國內廠商已完成第二期人體臨床試驗，目前正在進行第三期人體臨床試驗。

研發過程中，國衛院感染症與疫苗研究所劉家齊研究團隊發現腸病毒71型病毒的序列中，VP2蛋白存在一個重要的抗原決定位。這個VP2抗原決定位在各種基因亞型的腸病毒71型病毒上，為一個高度保守序列，序列相當穩定。此外，此VP2抗原決定位位於病毒與細胞受體之結合區內，所誘發的抗體可以抑制病毒與受體之結合，進而阻斷腸病毒71型的感染路徑。劉家齊博士表示，運用這段VP2抗原決定位序列，建立台灣自製的去活化腸病毒71型疫苗之特徵，可用於定量分析疫苗中的保護性抗原成份，並將台灣自行研發之腸病毒71型疫苗之製備、純化與定量病毒抗原作為疫苗之方法予以專利保護。由於有數種類型腸病毒71型候選疫苗正在開發，往後透過VP2抗原決定位的分析，將能協助鑑定出有效的腸病毒71型疫苗。

回顧計畫執行20年來，去活化腸病毒71型疫苗研發工作為台灣第一個完全自行從實驗室研發至進入人體臨床試驗之自製兒童疫苗，透過政府、學術界、醫界與產業界的多方合作，也建立跨產業、跨領域的合作模式。未來國衛院將持續協助國內廠商加速腸病毒71型疫苗的上市，保障國人孩童健康，讓孩童與家長遠離腸病毒71型造成的危害。