流感疫苗是全球公認最有效的流感防治工具，每年疫苗接種需仰賴中央與地方政府及醫療團隊合作。此次發生某衛生所疑有虛報流感疫苗施打率並不當銷毀等情案，遭監察院提出糾正，疾管署表示已積極檢討，避免類似情況再發生。疾管署已責成該地方政府衛生局對此缺失依接種計畫規定限期提交疫苗毀損報告書並核判賠償金額，且將依公務員服務法第23條等規定，請地方政府查明懲處，同時依規定，除按原價賠償外，並加計疫苗原價 9 倍違約金。

疾管署亦已針對全國各縣市370家衛生所/健康服務中心流感疫苗接種資料與流感疫苗管理系統進行比對，發現兩者資料落差量約31萬筆，已請各縣市衛生局須於8月底前提出說明。初步研判，可能之誤差原因包括：自購疫苗錯誤申請處置費、錯誤歸類為自購疫苗、或少部分非健保特約衛生所及社區設站接種無法申報處置費、或是衛生所協助合約院所回報接種成果至流感疫苗管理系統等。

疾管署經檢討後已研擬相關改善措施，包括：增加合約院所與衛生所疫苗管理規定及覆核機制、要求各縣市衛生局落實疫苗調撥、稽核、管理等作業，並建立覆核機制、如發現重大違規事件立即通報，並依相關法令規定處理、實地查核表項目「重大缺失」新增「蓄意毀損疫苗」查核內容等。另自本年開始，社區接種站可於網路離線狀況下藉由讀取健保卡來收集接種者資料，以減少人工作業並防範做假之情形發生，並以提高中央補助款等方式改善地方政府流感疫苗接種人力不足之困境。