針對醫事服務機構受到新冠肺炎(COVID-19)疫情影響，服務量減少，又因新增防護設備致執行業務成本增加，中央健康保險署自109年2月起辦理「提升暫付金額方案」，至於醫界關心的稅務減免事宜，衛生福利部及健保署自109年4月起即持續與財政部溝通，研議相關免稅或減稅措施，並於109年11月3日函請財政部釋示。感謝財政部體察醫界的辛勞，於109年12月24日回函表示，參加全民健康保險之特約醫事服務機構取得之提升暫付補付金額免列為109年度收入(附件)。

健保署表示，為因應疫情影響醫事服務機構服務量，於疫情開始之初即辦理「提升暫付金額方案」，以去年同期核定金額暫付予醫事服務機構，降低其財務負擔，其性質屬暫付予醫事服務機構之費用，用以降低疫情帶來之營運衝擊及影響，不屬醫事服務機構實際收入。而這些經費來源是健保總額，於疫情趨緩或醫事服務機構營運穩定時需逐步規劃還款，使健保總額回歸正常營運機制。

健保署將依財政部函釋意見，針對醫事服務機構取得之提升暫付補付金額，將免依所得稅法第89條第3項規定列單申報主管稽徵機關。