媒體報導，台灣中醫執業環境改革協會表示，「中醫專科蠻幹、年輕醫師受害」、「中醫負責醫師訓練名額不足，導致百名醫師無法參訓、取得開業資格」，對於該會所提疑義，本部說明如下：
一、 本部自103年推動中醫負責醫師訓練制度迄今，主要訓練院所從28家擴增至111家；受訓醫師從136位擴增至542位，經統計，制度執行迄今，完成中醫執業登記但尚未參與訓練者，約有55位。若前揭中醫師，有參訓意願但尋無訓練院所者，可洽詢本部委辦單位（中醫師公會全國聯合會）協助媒合，或逕上本部今年建置之訓練選配系統進行配對。
二、 鑑於中醫人才訓練扁平化，為培育急、重、難症處置、中西醫合治、臨床教學及實證研究人才，本部104-105年先行辦理「研議中醫住院醫師訓練制度先驅性計畫」，約62%中醫師支持推動中醫專科醫師訓練制度，遂於106-108年建構中醫專科醫師訓練基準相關規範，為使前揭規範確實可行，108年遴選合格訓練醫院進行試辦及實地評核，並滾動修訂相關規範。
三、 部分年輕中醫師擔心訓練容額不足及中醫專科醫師制度倉促上路乙節，本部透過媒合並建置選配系統，提供受訓醫師申請訓練管道；至於專科醫師訓練目前僅是試辦計畫性質，將俟中醫界有多數共識後，再行進入法制作業。