中央流行疫情指揮中心今(1)日表示，已於今日上午與各縣市政府完成召開「全國防疫會議」。會議決議如下：
一、指揮中心均依各地方政府之請撥，全數撥交防疫物資數量，並同意各地方醫療院所調高防疫物資安全存量；此外自今日起配發雙北市2倍安全存量，請各地方政府持續關注各醫療院所及第一線防疫人員口罩使用情形，以符合防疫相關指引規定。另鑒於汛期已屆，也提醒地方政府妥適保存防疫物資，防止物資受潮毀損。
二、為利COVID-19重症確診者之收治，請各地方政府衛生局配合，每日利用google表單將確診者動向回報指揮中心，以掌握資訊及有效進行醫療資源分配；另鑒於雙北市重症收治個案眾多，將要求各重度級急救責任醫院加開專責ICU病房；高風險區域須跨區轉診就醫者，則運用醫療綠色通道配對協助轉診，相關轉診所運用之民間救護車輛費用由指揮中心支應。
三、企業辦理抗原快篩檢測係屬企業內部對員工健康監測之一環，採企業自主與篩檢自費方式進行，且需由醫事人員執行採檢。考量抗原快篩仍有偽陽或偽陰性機率，企業執行抗原快篩時，如為陽性者，依規定須進行通報及PCR檢測，同時也須提供隔離安置場所，例如返回可隔離的宿舍或居家隔離(一人一室為原則)，也可安置於防疫旅館，等待PCR檢驗結果，降低傳染風險；如為陰性者，仍需進行自我健康監測。指揮中心將於近日對外發布企業快篩指引供各界遵循。
四、針對臺北松山、臺中、嘉義、臺南及高雄小港等5個航空站設立篩檢站等事宜，昨(5/31)日由指揮中心邀集交通部、各航空站及地方政府衛生局共同研議，重點包括：
- 由交通部研議縮減往返澎湖、金門、馬祖等離島3縣市航班之可行性，減少民眾不必要之跨區域移動，降低傳播風險。
- 「因應新冠肺炎(COVID-19)疫情國內機場飛往離島執行快速篩檢」作業，將依傳染病防治法相關規定於今(6/1)日完成公告等法制程序，並自6月2日起實施。
- 臺東航空站是否比照進行快篩，已請臺東縣政府本於職權，依指揮中心所訂原則與實施基準辦理。