我國衛生行政組織原分為「中央、省、縣(市)」等三級，配合民國88年「地方制度法」公布施行，及政府完成「精簡台灣省政府組織」作業後，衛生行政組織業已簡化為「中央、直轄市及縣(市)」二級。在中央，衛生福利部為我國最高衛生及社會福利行政機關，負責全國衛生及社會福利行政事務，並對各級地方衛生及社會福利機關負有業務指導、監督和協調的責任。我國中央衛生及社會福利主管機關之組織型態，歷經政府北伐、抗戰、國民政府遷臺等政局動盪亦隨之迭有更動，自民國17年4月，政府成立內政部衛生司後，隨後歷經十次改組，過程如下：
- 民國17年11月改為衛生部
- 民國24年4月改為內政部衛生署
- 民國25年11月改為行政院衛生署
- 民國27年4月改為內政部衛生署
- 民國29年4月改為行政院衛生署
- 民國36年5月改為衛生部
- 民國38年5月改為內政部衛生署
- 民國38年8月改為內政部衛生司
- 民國60年3月17日 改為行政院衛生署
- 民國102年7月23日 改為衛生福利部
行政院衛生署，初設有醫政處、藥政處、防疫處、保健處、環境衛生處及企劃室(民國86年4月13日改為企劃處 )等五處一室。民國71年擴大編制，內部業務單位增設食品衛生處，原「環境衛生處」改為「環境保護局」，民國76年環境保護局改制為行政院環境保護局，正式脫離衛生署管轄。
附屬機關方面，依成立先後順序，計有管制藥品管理局(成立於民國24年7月1日，原稱「麻醉藥品管理處」，民國88年7月1日改名) 、預防醫學研究所(成立於民國64年7月1日)、藥物食品檢驗局(成立於民國67年9月20日)、檢疫總所(成立於民國78年7月1日) 及中央健康保險局(成立於民國84年1月1日)、中醫藥委員會(成立於民國84年11月1日)、全民健康保險監理委員會(成立於民國84年4月28日)、全民健康保險爭議審議委員會(成立於民國84年5月26日)及全民健康保險醫療費用協定委員會(成立於民國85年11月8日)等。
為使衛生署組織保持活化，自民國88年起，便以「精簡組織，增加行政效率，建立活力政府」、「落實政策訂定及執行之分工」及「重整現有資源，落實事權統一」等項原則，逐步進行組織調整，近年完成之重要工作，有：
- 整合防疫處、檢疫總所、預防醫學研究所等三個防疫單位，於民國88年7月1日成立「疾病管制局」。
- 配合政府精簡台灣省政府組織，收編「台灣省政府衛生處」，改制為衛生署中部辦公室，36家省立醫院及家庭計畫研究所、公共衛生研究所與婦幼衛生研究所，亦改隸為本署之附屬機關，於民國88年7月1日統一掛牌運作。
- 簡併四個國民保健體系，整合保健處、家庭計畫研究所、公共衛生研究所及婦幼衛生研究所，於民國90年7月12掛牌成立「國民健康局」。
- 重建結核病防治體系，將公共衛生業務回歸防疫體系，原「慢性病防治局」自民國90年7月起，改制「胸腔病院」，負責病患醫療照護。
- 配合後SARS重建,再度進行衛生署組織再造工程，於民國93年7月1起，（1）將「醫政處」改名「醫事處」。（2）成立「護理及健康照護處」，專責推動山地離島醫療及長期照護服務業務（3）「國際合作處」，專責國際衛生事務拓展業務。（4）成立「醫院管理委員會」，專責署立醫院及療養院之監督與管理。
- 整併食品衛生處、藥政處、藥物食品檢驗局及管制藥品管理局等單位，於民國99年1月1日成立「食品藥物管理局」。
- 民國102年配合行政院組織改造成立「衛生福利部」，將原衛生署署內22個單位與任務編組、5個所屬機關、內政部社會司、兒童局、家庭暴力及性侵害防治委員會、國民年金監理會以及教育部國立中國醫藥研究所等單位，一起整併為8司6處事權統一的新機關-「衛生福利部」及6個所屬三級機關(構)包括：「疾病管制署」、「食品藥物管理署」、「中央健康保險署」、「國民健康署」、「社會及家庭署」及「國家中醫藥研究所」，打造以人為中心的衛生福利網，提升國民的健康與幸福。
- 為整合長期照顧業務，於107年9月5日設立「長期照顧司」。
- 為應口腔相關業務需要，於111年5月4日成立「口腔健康司」，並將「心理及口腔健康司」改名為「心理健康司」。
今衛生福利部之組織與規模，請參考組織架構圖。