依據考選部之統計資料顯示，自96年起持國外醫學系畢業證書參加我國醫師、牙醫師考試人數逐年增加，考量各國學制分岐，長此以往，恐對於我國醫師人力與醫療品質造成重大衝擊，因此，衛生福利部依據醫師法施行細則第1-1條規定，會同考選部、教育部於105年12月30日共同發布「國外大學或學院醫學系科學歷採認原則」，明定國外醫學系學歷得予採認之條件，至於大陸地區之學歷，並不包含在採認範圍，大陸醫事人員或赴大陸習醫者仍不能來臺考照執業。

衛福部表示，新規定將適用於106年1月1日以後入學於國外開始修習醫學系科之學生，重點摘述如下:

國外畢業學校須為教育部已列入參考名冊者。
修業年限方面:醫學系、牙醫系均需達6年以上，學士後醫學系4年以上。課程內容須含基礎醫學及臨床醫學且達一定時數。
如有下列情形，不予採認: (1)未提供完整醫學訓練課程，包括安排臨床實習課程。(2)非經一般常態招生或入學管道。(3)該國政府對我國同級同類學校之醫學學歷未有「對等承認」。(4)不具應當地國醫師執業應考條件者。

衛福部強調，醫師之養成與素質攸關醫療品質影響民眾健康，未來不符合採認規定者，不論任何國家或地區，均不得參加我國醫師考試; 通過採認者，如屬美國、日本、歐洲、加拿大、南非、澳洲、紐西蘭、新加坡及香港等九大地區畢業學歷，則可參加考選部辦理之醫師考試，其他地區之學歷則須先參加教育部之學歷甄試，通過後始能參加醫師考試。衛福部呼籲，本項採認原則較前為嚴格，對於欲至國外就讀醫學系科的學子，應審慎評估國外醫學教育訓練制度是否符合採認規定。