為提供航商業者便捷的進港審查檢疫申辦程序，衛生福利部疾病管制署與交通部航港局共同合作，提供「船舶審查檢疫線上作業暨多元繳費服務」，航商業者可透過線上申辦船舶進港（首港）審查檢疫，有效節省人力與時間；自4月25日正式上線至4月30日止，申辦成功案件計74件（占總送件數18%）。

依據我國傳染病防治法及港埠檢疫規則，船舶入境前4至72小時應向疾管署申辦審查檢疫。疾管署統計，去（2016）年首港船舶審查檢疫艘數共35,132艘，船舶審查檢疫作業線上化後，對於船舶上無人員健康異常且無船舶衛生異常情況者，航商業者只要透過航港局「航港單一窗口（簡稱MTNet系統，網址：http://www.mtnet.gov.tw/）」完成首港預報後，即可於線上申辦船舶審查檢疫，經疾管署系統檢核後約5分鐘內將自動核發線上檢疫准單，並提供業者於MTNet系統下載，此項服務不分平假日，航商業者不須再親赴疾管署檢疫櫃檯辦理。

此外，本服務也提供網路/實體ATM、金融機構匯款、郵局代收、便利超商及全國繳費網等多元管道繳費，航商業者可選擇線上繳費或合適實體通路繳費，減少往返港區臨櫃申辦所耗費的時力。疾管署提醒，航商業者務必誠實申報、如期上傳文件（含航程表的檢疫電報、船舶衛生證明書、海事衛生聲明書）及繳費；若船舶出現人員健康異常或船舶衛生異常等事件，請航商業者依傳染病防治法向疾管署所屬檢疫站通報，並請臨櫃辦理及配合相關防疫檢疫事項。

 疾管署表示，本系統正式上線前，已與航港局分別在基隆、臺中、高雄及花蓮地區辦理4場航商業者說明會，並邀請部分業者實際體驗線上申辦及繳費作業。未來將陸續開發國內續航（二港）線上檢疫申辦功能，期望業者能多利用本系統申辦線上審查檢疫，減少資料重複登打及臨櫃往返時間，提高申辦作業效能。相關資訊可至疾管署全球資訊網（http://www.cdc.gov.tw）或撥打免付費防疫專線1922（0800-001922）洽詢。