考量住院醫師尚處於訓練階段，對於工作時間與休息應有規範，以避免過勞並確保醫療品質與安全，衛生福利部遂參考美國畢業後醫學教育評鑑委員會(ACGME)頒定之住院醫師工時指引及國內醫學教育專家與專業團體之意見，於106年3月7日公告「住院醫師勞動權益保障及工作時間指引」，對於住院醫師之勞動權益與工時予以明確規範，並訂於106年8月1日起正式實施，衛福部表示，該指引將納入107年教學醫院評鑑重點，違反者將核減其住院醫師容額或取消該類住院醫師訓練醫院資格。
衛福部表示，為能落實保障訓練中醫師之權益，並明確規範有關工時計算方式與例休假規定，爰邀集勞動部、醫學教育專家、各專科醫學會與醫院團體代表召開會議，參考美國ACGME之規定，重新修訂「住院醫師勞動權益保障及工作時間指引」，以利各教學醫院遵循，重點如下:
- 醫院須與住院醫師簽訂書面聘僱契約，並不得違反衛福部公布之「住院醫師與醫療機構之聘僱契約應約定及不得約定事項」，如工時、例休假、工資福利、職業傷害補償及保險、女性住院醫師懷孕期間之值班限制等。
- 醫院與住院醫師約定之正常工時內之所有臨床、教學及會議等活動，應計入工時計算，至於，正常工時外之活動如在院值班、待命候傳、隨同轉診、緊急召回及會議活動等，均明定其工時採計規定。
- 明訂工時之限制，總工時以每4週320小時為上限，輪班制者每班不得超過13小時，非輪班制以每日正常工作時間不超過10小時為原則，每次勤務連同延長工時不得超過28小時;相較102年發布之「住院醫師勞動權益保障參考指引」之每日正常連同延長工時32小時、每週工時88小時之規定，均再予調降。
- 例假休息之規定部分，每7日中至少應有1日休息，經由彈性約定，得於2週內安排2日之休息，作為例假，但不得連續工作超過12日。
衛生福利部提醒有招收住院醫師之92家教學醫院應確實遵守並擬具相關配套措施妥為因應，以維護病人安全並避免影響醫療照護品質，另該工時指引將納入107年教學醫院評鑑基準，未來透過不定時稽查方式確認其落實程度，違反者將予記點追蹤，情節嚴重者將喪失教學醫院資格。衛福部並呼籲民眾，落實分級醫療與轉診制度，有就醫需要時可先至基層診所或社區醫院就醫，以紓解大型醫院收治患者負荷，使其著重於診治重難症病患及教學研究之任務。
另外，針對有媒體報導急診醫師缺乏新血、每日工時最長、每日平均服務人次上升等數據，衛福部澄清，自民國99年至106年急診專科住院醫師之招收率，除99年為99％、102年為93％外，其餘年度均為100％; 至於，新領證急診專科醫師人數，104年及105年人數相較102年下滑，係因100及101年實施一年期PGY訓練，各專科住院醫師核定與招收人數減半所致，如以急診專科醫師總執業人數統計，查99年底為1,181名，至105年底為1,620名，逐年穩定成長趨勢；另報載所列各專科醫師每日工時，係僅引據103年教學醫院住院醫師值勤時數資訊調查之「非值班日之每日實際值勤時數」，並未考量各科工作特性與值班差異，尤其急診醫師多為輪班制，與其他專科別不同，如以單週總工作時數統計，急診科平均為64小時，較各科總平均84小時為低。另針對急診專科醫師之工作負荷，衛福部除持續要求教學醫院確實遵守上開工時指引規定外，於醫院評鑑中亦有要求所有醫院均訂有大量傷患應變計畫並定期演練，以應萬一不幸發生類似八仙塵爆之緊急狀況時能及時動員各科人力，確保醫療體系之正常運作與民眾權益。